Wyniki badań nad wyizolowanymi działaniami medycyny alternatywnej nie mogą świadczyć o możliwościach całościowych alternatywnych systemów jako strategii pozwalającej na życie w dobrym zdrowiu i zmniejszenie nakładów na opiekę lekarską. Na kwestię tę zwrócił uwagę Instytut Nauk Noetycznych w San Francisco, który zajął się projektem reformy opieki zdrowotnej. Naukowcy skupiają się głównie na tym, by na drodze do integracji medycyny alternatywnej z istniejącym systemem opieki zdrowotnej nie zagubiono podstawowych zasad holizmu i życia w dobrostanie. Jedną z przeszkód stojących przed naukowcami usiłującymi zbadać skuteczność i opłacalność alternatywnych metod leczenia jest brak standaryzowanych kodów ubezpieczeniowych. Często bowiem, aby pokryć koszty leczenia z ubezpieczenia, specjaliści celowo stosują błędne oznaczenia kodowe. Uniemożliwia to porównanie terapii alternatywnych i konwencjonalnych. Ustanowienie specyficznych kodów dla medycyny alternatywnej ułatwiłoby szeroko zakrojone badania nad skutecznością konkretnych alternatywnych metod leczenia. Podjęto już pierwsze kroki w tej dziedzinie. Jednym z najistotniejszych wydarzeń była prezentacja zagadnień związanych z kodami w akupunkturze, dokonana wiosną 1998 roku przez Amerykańską Akademię Akupunktury Medycznej na prośbę Amerykańskiego Towarzystwa Lekarskiego. Prace nad odpowiednim kodowaniem w akupunkturze trwają.