Pierwsza wizyta u lekarza naturopaty zajmuje około godziny, ale niezbędne może być okazanie wcześniej wypełnionego formularza. Lekarz dokładnie zapoznaje się z historią choroby oraz trybem życia pacjenta. Procedura diagnozy może obejmować badania fizykalne, typowe badania krwi i moczu oraz badania nie stosowane przez medycynę konwencjonalną, takie jak: test Indican w moczu, test Obermeyera + lub test Heidelberga. Na podstawie uzyskanych informacji naturopata określa czynnościowy i ogólnoustrojowy stan pacjenta, jak również wystawia konwencjonalną diagnozę choroby. Leczenie jest indywidualizowane, zwykle jest to zestaw różnych terapii. Wiele czasu poświęca się na poradnictwo dotyczące stylu życia pacjenta, zalecenia dotyczące diety, ćwiczeń i radzenia sobie ze stresem. Kolejne wizyty trwają zwykle około pół godziny. Naturopaci kontrolują postępy w leczeniu poprzez własne obserwacje, raporty pacjentów i badania laboratoryjne. W niektórych stanach USA naturopaci mogą przepisywać określone leki, ale zwykle nie mają takich uprawnień. W stanie Waszyngton naturopaci mogą przepisywać antybiotyki, leki tarczycowe, progesteron i inne wybrane lekarstwa.