Należy ocenić kilka istotnych kwestii dla integracji alternatywnych metod leczenia, takich jak rola badań klinicznych nad medycyną alternatywną, jej opłacalność, źródła finansowania badań naukowych, odpowiedzialność cywilna za błędy w sztuce lekarskiej, stosowana terminologia, rola konsumenta. Elementy te wpłyną na włączenie alternatywnych metod leczenia do istniejącego systemu medycznego, zdominowanego obecnie przez programową opiekę zdrowotną. Chociaż decyzje o pokrywaniu kosztów leczenia zależą na ogół od wykazanej klinicznie skuteczności, nie wszystkie alternatywne metody da się ocenić poprzez szeroko zakrojone losowe badania kliniczne. Dotyczy to zwłaszcza wszechstronnych terapii, w których podchodzi się bardzo indywidualnie do każdego przypadku. W badaniach nad medycyną alternatywną stosunkowo rzadko stosowano dotąd standardy losowych badań klinicznych z grupą kontrolną. Nie ma również jasnych, kompleksowych danych na temat wysokości nakładów i opłacalności leczenia alternatywnego, mimo powszechnego przekonania, że integracja alternatywnych metod leczenia pozwoli na ograniczenie rosnących kosztów opieki zdrowotnej. Dopóki nie istnieją wyraźne dowody na kliniczną skuteczność alternatywnych metod leczenia, nie można w pełni oszacować ich opłacalności. Zatem powinno się jak najszybciej przeprowadzić badania kliniczne nad skutecznością tych metod.