Włączanie alternatywnych metod leczenia do istniejącego systemu opieki zdrowotnej może zmusić terapeutów do pewnych kompromisów. Obecny system ubezpieczeń i służby zdrowia rozwinął się na podstawie obowiązującego modelu biomedycznego. W 1995 roku Robert Padgug, dyrektor ds. ubezpieczeń zdrowotnych i stosunków z rządem w Empire Blue Cross and Blue Shield, podkreślił, że procedury i specjaliści zaadaptowani do systemu opieki zdrowotnej muszą dostosować się do obowiązującego modelu medycznego, jeśli chcą korzystać z pośrednictwa programów ochrony zdrowia. To oświadczenie dotyczy również innych krajów, gdzie przeważa bardziej otwarte podejście do medycyny alternatywnej. Modele państwowego ubezpieczenia zdrowotnego w Kanadzie, Wielkiej Brytanii czy Skandynawii, a także w dużym stopniu sprywatyzowana forma ubezpieczeń wzajemnych w Niemczech, Francji, Japonii czy Holandii funkcjonują podobnie. Programy zdrowotne, które wyodrębniają alternatywne terapie poprzez umieszczenie ich w opcjach i wymagają skierowania od lekarzy pierwszego kontaktu, zasadniczo traktują szafarzy medycyny alternatywnej bardziej jako specjalistów aniżeli praktyków podstawowej opieki medycznej. Dlatego w programowej ochronie zdrowia mało jest miejsca na profilaktykę i promowanie zdrowego trybu życia.