Sprawne zadziałanie mechanizmów obronnych likwiduje infekcję i przyspiesza powrót do zdrowia. Mechanizmy obronne ustroju ulegają jednak częstym zaburzeniom. Do najważniejszych czynników upośledzających odporność na choroby zakaźne należy przemęczenie psychofizyczne, przeziębienia, złe odżywienie, jak również alkoholizm, zmniejszający własności fagocytarne krwinek białych. Ogromny postęp w leczeniu chorób zakaźnych nastąpił po odkryciu sulfonamidów i antybiotyków. Stosowane są coraz doskonalsze jakościowo surowice i szczepionki. Odkrycie interferonu — swoistego białka, wytwarzanego przez krwinki białe i komórki układu siateczkowo-śródbłonkowego stwarza nowe możliwości leczenia, szczególnie chorób wirusowych. Zapobieganie chorobom zakaźnym oparte jest na wytworzeniu aktywnej lub biernej odporności organizmu przez zastosowanie szczepionki lub surowicy ochronnej, lub na przerwaniu drogi przenoszenia zarazków z człowieka lub zwierzęcia chorego na osobę lub zwierzę zdrowe. Szczepionka zawiera osłabione zarazki lub ich toksyny, które — podane człowiekowi zdrowemu — pobudzają wytwarzanie przeciwciał, nie wywołując charakterystycznych dla danej choroby skutków zdrowotnych. Wytworzone przeciwciała chronią organizm przed rozwojem choroby w przypadku kontaktu z osobą chorą lub ze skażonym materiałem, i przed wtargnięciem zarazków do organizmu.