Zaburzenia wchłaniania, jeśli nie łączą się z przyspieszeniem pasażu jelitowego, są raczej rzadko przyczyną chudnięcia. W zasadzie jednak wszystkie cięższe, przewlekłe choroby jelit prowadzą do zmniejszenia masy ciała, z tym że prawie zawsze współistnieją ze sobą: utrata łaknienia, upośledzenie wchłaniania i przyspieszenie pasażu jelitowego. Szczególnie głęboki wpływ na stan odżywienia wywiera wyłączenie z procesu trawienia jelita czczego, np. przy przetoce żołądkowo-jelitowej albo po zespoleniach operacyjnych.
Jest oczywiste, że chudnięcie wywołują choroby, w których zwiększona jest podstawowa przemiana materii. Należą do nich — poza chorobą Basedowa — wszystkie dłużej trwające choroby gorączkowe. Obok ogólnego spotyka się niekiedy miejscowy zanik tkanki tłuszczowej. Tego typu zaniki występują u niektórych chorych na cukrzycę, w miejscach podskórnych wstrzykiwań insuliny. Również w przypadkach zapaleń podskórnej tkanki tłuszczowej dochodzi do miejscowych ubytków tkanki tłuszczowej. Rzadką chorobą jest szczególna postać cukrzycy, przebiegająca z całkowitym zanikiem tkanki tłuszczowej, czyli diabetes lipoatrophicus.