W przypadku zespołu policystycznych jajników w trakcie jajeczkowania, w pierwszej fazie cyklu miesięcznego nie dochodzi do wytworzenia się pęcherzyka dominującego, czyli dominującego, z którego zwykle wyłania się komórka jajowa. Natomiast w zespole policystycznych jajników pozostałe pęcherzyki nie znikają, tak jak ma to miejsce w zdrowym cyklu, ale pracują nadal wytwarzając hormony męskie, tak zwane androgeny oraz progesteron. W fazie ostrej dochodzi nawet do łysienia typu męskiego, czy też nadmierna otyłość, jak również trądzik, hirsutyzm, hiperadrogenizacja, poronienia, czy wreszcie niepłodność. Ne są to jednak jedyne objawy, bowiem może dochodzić do objawów towarzyszących takich jak cukrzyca typu drugiego, choroby układu sercowo – naczyniowego, łącznie z nadciśnieniem i chorobą wieńcową, nadmiar prolaktyny czy w końcu rak trzonu macicy. W leczeniu natomiast zastosowanie odnajdują przede wszystkim preparaty, które niwelują skutki działania androgenów zmniejszając ich stężenie. Nie ma jednak leku eliminującego przyczyny zaburzeń.